自治区水利厅为自治区人民政府组成部门之一，内设办公室、组织人事与老干部处、规划计划处、水政水资源处、财务审计处、科技教育处、建设管理处、农村水利处8个处室和厅纪委（另有内设机构监察室，与纪委合署办公）、厅机关党委、水利工会、厅团委，行政编制64名（含纪检监察编制3名）。全厅现有直属事业单位25个，在职职工4315人。

根据自治区人民政府办公厅《关于印发水利厅主要职责、内设机构和人员编制规定的通知》（宁政办发〔2009〕83号），自治区水利厅的主要职责是：

1、贯彻实施有关法律、法规、规章，执行国家水利事业发展的方针、政策；拟订自治区水利发展战略规划和政策；组织编制全区水资源规划、重要河流湖泊的流域综合规划、防洪规划等重大水利规划；组织实施水利工程建设有关制度；拟订水利行业的技术标准、规程、规范并监督实施；负责提出水利固定资产投资规模和方向、自治区财政性水利资金安排意见；提出自治区水利建设投资安排意见并组织实施。

2、负责水资源的统一管理，统筹兼顾和保障生活、生产经营和生态环境用水；执行国家水资源长期供求计划、水量分配方案，拟订自治区水资源中长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织开展水资源调查评价工作；按规定开展水能资源调查工作；负责流域、区域以及重大调水工程的水资源调度；组织实施取水许可制度、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度；指导水利行业供水和乡镇供水工作。

3、组织编制水资源保护规划；组织拟订重要河流、湖泊的水功能区划并监督实施；核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议；指导饮用水水源保护工作；指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。

4、组织、协调、监督防汛抗旱工作；对重要河流湖泊和重要水利工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；编制自治区防汛抗旱应急预案并组织实施；指导水利突发公共事件的应急管理工作。

5、拟订节约用水政策；编制节约用水规划，拟订自治区节约用水的有关标准；指导和推动节水型社会建设工作。

6、组织实施水文水资源监测、自治区水文站网建设和管理；对河湖库和地下水的水量、水质实施监测；发布水文水资源信息、情报预报和自治区水资源公报。

7、组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；指导区内河流、湖泊的治理和开发；指导水利工程建设与运行管理；组织实施具有控制性的或跨市、县的重要水利工程建设和管理；承担水利工程移民政策扶持的有关工作。

8、拟订水土保持规划并监督实施；组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告；负责大中型开发建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作；指导自治区重点水土保持建设项目的实施。

9、组织协调农田水利基本建设；指导农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设工作。

10、组织、指导水政监察和水行政执法工作；负责重大涉水违法事件的查处；协调水事纠纷；负责水利行业安全生产工作，组织实施水利行业建设工程质量监督工作；组织和指导水库、水电站大坝的安全监督；负责水利建设市场的监督管理；开展水利科技、教育培训及合作交流工作。

11、承办自治区人民政府交办的其他事项。